卒業式のテロ予告は無事に防げたものの、犯人は不明のまま。レッドヴィーナスの手下と思われる人間はいったい誰なのか？間を捜査会議に遅らせて、捜査から外すのが目的だとすると、一番怪しいのは・・・？今野と今までの事件を思い出していたとき、犯人の魔の手が香を狙っていた！事件の真犯人は？意外な人物が浮かび上がる。間は犯人を捕らえて無事にレッドヴィーナスの捜査チームに戻ることができるのか！？

卒業式を狙ったテロ予告を受けて調べる間。“ランドセル探偵”こと鳴海と共に、今までの事件にも関係していたと思われる「赤井愛美」という名前の生徒を追いかけるもそれ以上の手がかりはつかめない。その頃、別で調査をしていたスマートから間の学校に爆弾が仕掛けられていて時限装置が動き始めたと連絡が入る。残り時間はもうわずか！間は爆発を止めることはできるのか！？コドモ警視、絶体絶命！

謎の転校生・鳴海瞬から、今野に送られてきた脅迫状の暗号解読で勝負をしようと言われる間。仕方なく解読してみるとそれは犯罪予告だった。思っていた以上に危険な事態になり避難しようとした時、特殊捜査課のスマート刑事より連絡がくる。やはりこの学校は狙われている！犯人の目的は何なのか？本格的に調べることになった間だが…。

卒業式も真近となった放課後。会議のため本庁へ向おうとする間だが、またも今野につかまってしまう。今野の机に脅迫状が届いたというのだ。 文面は「あわれなウサギどもを消してやる」という内容だった。実は飼育小屋のウサギが行方不明になっていたのだ。飼育係の白沢美緒はカギはかかっていたと証言している。この密室状態で犯人はどうやってウサギを持ち去ったのか？間は早速調べてみるのだが…。

放課後、またも今野に呼び止められる間。聞けば先日、6年3組の社会科の教科書全員分に落書きされていたという事件があった。唯一落書きされていなかった佐藤昌史が犯人だと思った今野は学年主任として厳重注意をしたところ、佐藤の父親が「証拠も無しに犯人扱いするな！」と抗議しに来るいう。佐藤の父親はTV局の有名なプロデューサーで、すぐにクレームをつけてくるモンスターペアレントだったのだ。間は佐藤の落書きの証拠を捜査することになったのだが・・・。

放課後、本庁へ向かうため間が廊下に出ると階段のほうから女性の悲鳴が！今野、ユミ、東原と共に声のほうに駆けつけると保健室の先生・高村香が倒れていた。どうやら誰かに上から突き落とされたようだという。階段の上の屋上を調べにいくと、そこには同じ学年の木崎えりが一人たたずんでいた。犯人は自分だが突き落としたのではなく、実はエスパーでテレポートに失敗したという。超能力のトリックを調べることになった間だが・・・。

バレンタインデー当日の放課後、今日も急いで帰ろうとする間をユミが呼び止める。手作りのチョコを持ってきたという。箱を手渡され開けてみるもののそれは空っぽだった。チョコが盗まれたと泣き出すユミを今野に見られ、消えたチョコを探す羽目になってしまう間。ユミは別のクラスの桐野麗子が犯人だと訴えるが、彼女はいつチョコを抜き取ったのか？アリバイを崩すために調べてみると・・・。

今日も会議のため帰宅を急ぐ間にクラスメイトのユミが話しかけてくる。最近学校で幽霊が出るらしく、美術教師の東原も夜の家庭科室で人魂を見たという。間は「幽霊なんていない！」と断言するも担任の今野から捜査するようまたも脅される。渋々と家庭科室を調べていると、クラスメイトの京極奈津美が現れ「人魂は霊魂で自分の友達だ」と言う。なにか仕掛けがあるに違いないとにらんだ間は人魂の仕掛けを調べるが・・・。

本庁のエリート警視・間は今日も会議に参加するため急いで学校を出ようとするも担任の今野から呼び止められる。校長の出張中に金庫番を言いつけられたが、暗証番号が何者かに変えられ開けられなくなっているという。そんな中、間のクラスメイト・岡嶋が校長室で強盗を見たと証言。給食費を盗んでいったと説明する。岡嶋の話に疑問を持った間は消えた給食費を探してみるのだが・・・。

悪の組織の特殊ガスを吸ってコドモの体になってしまい、素性を隠して小学校に通っている本庁のエリート警視・間聖四郎（マリウス葉）。とある放課後、本庁の捜査会議へ急ごうとする間を、担任の今野（浜野謙太）が呼び止める。小テストでこのところ不自然に満点を連発しているサチ（香音）のカンニング疑惑を捜査して欲しいというのだ。間の正体を知っている今野に、捜査に協力してくれなければ秘密をばらすと脅された間は、やむなく依頼を引き受けるが、意外な難事件に翻弄されることに…。